Efter Hærens Officersskole kom Erik Billeskov Frederiksen til Forsvarsakademiet, hvor han blev uddannet civilingeniør. Herefter var han ansat i Forsvarsministeriet en årrække. 1970 blev han med sin hustru, Elva, udsendt til Bruxelles som rådgiver for den danske NATO-ambassadør i fem år. Tilbage i Danmark blev han kompagni- og bataljonschef i Høvelte, fulgt af fire år som chef på Høveltegård.

Erik Billeskov Frederiksen blev senere inspektør hos chefen for Hæren og havde sin sidste tjenesteperiode i Danmark som afdelingschef i Forsvarsstaben, før han indtil sin afsked atter blev udkommanderet til Belgien, denne gang hos chefen for de allierede forsvarsstyrker i Europa. Her havde han som brigadegeneral ansvaret for logistik, infrastruktur og personel.

Efter sin pensionering 1989 var han i ti år konsulent for forskellige danske eksportvirksomheder.